Tinh vân Con Cua nằm chếch gần 1½ ° so với mặt phẳng hoàng đạo-mặt phẳng của quỹ đạo Trái Đất quanh Mặt Trời. Điều này có nghĩa là Mặt Trăng - và thỉnh thoảng các hành tinh có thể đi ngang qua hoặc che khuất tinh vân. Mặc dù, Mặt Trời không đi ngang qua tinh vân, nhưng vành nhật hoa của nó cũng đi ngang tinh vân. Những sự đi ngang qua và che khuất có thể được áp dụng để phân tích đặc tính của tinh vân Con Cua và cả đối tượng đi ngang qua trước nó, bằng cách quan sát lượng bức xạ phát ra từ tinh vân bị thay đổi bao nhiêu do vật thể đi ngang qua trước nó.

Sự đi ngang qua của Mặt Trăng đã được dùng để vẽ bản đồ phân bố bức xạ tia X từ tinh vân. Trước khi phóng các vệ tinh quan sát tia X, như Đài quan sát tia X Chandra, các quan sát trong miền tia X thu được độ phân giải góc rất thấp, nhưng khi Mặt Trăng đi ngang qua trước tinh vân, và vị trí của tinh vân đã được biết một cách chính xác, cho nên các sự thay đổi trong độ sáng của tinh vân có thể dùng để tạo ra bản đồ bức xạ tia X.[33] Khi các tia X lần đầu tiên được quan sát từ tinh vân Con Cua, các nhà thiên văn đã áp dụng sự che khuất của Mặt Trăng để đo vị trí chính xác của nguồn bức xạ.[23].

Vào tháng 6 hàng năm, vành nhật hoa của Mặt Trời vượt qua trước tinh vân Con Cua. Những thay đổi trong tín hiệu radio thu được từ tinh vân trong thời gian này được sử dụng để dẫn ra các chi tiết về mật độ và cấu trúc của vành nhật hoa. Những quan sát ban đầu đưa ra kết luận là vành nhật hoa mở rộng đến những khoảng cách lớn hơn mà trước đó từng nghĩ tới; và những quan sát tiếp theo đã tiết lộ ra những sự thay đổi mật độ của các nguyên tố trong vành nhật hoa.[34]

Rất hiếm khi Sao Thổ đi ngang qua tinh vân Con Cua. Lần đầu tiên nó đi ngang qua là vào năm 2003 kể từ năm 1296; lần tiếp theo sẽ xuất hiện vào năm 2267. Các nhà thiên văn đã sử dụng Đài quan sát tia X Chandra để quan sát vệ tinh Sao Thổ là Titan khi nó vượt qua trước tinh vân, và họ đã tìm thấy 'bóng' của tia X của Titan lớn hơn bề mặt rắn của nó, do sự hấp thụ tia X của khí quyển Titan.Nhờ quan sát này mà các nhà thiên văn tính được bề dày của khí quyển Titan là 880 km[35]. Sự đi ngang qua của Sao Thổ không được quan sát bởi Chandra do lúc này nó đang vượt qua vành đai Van Allen.